企业申请境外投资备案的税务注意事项如下：

1.转让定价方面：

1.遵循独立交易原则：企业与境外关联方之间的业务往来应符合独立交易原则，即按照公平成交价格和营业常规进行。税务机关会对企业与其关联方的交易进行审核评估，若不符合该原则，可能会进行调查调整。企业需确保交易定价的合理性和公正性，避免因定价不当而引发税务风险。

2.准备同期资料：企业应按照规定准备并保存同期资料，包括主体文档、本地文档和特殊事项文档等，以证明其转让定价的合理性。同期资料应详细记录企业与关联方之间的业务往来情况、定价政策、成本计算方法等信息，以便税务机关在检查时能够准确了解企业的交易情况。

2.成本分摊协议方面：

1.符合商业实质和独立交易原则：企业与关联方签署的成本分摊协议需具有合理商业目的和经济实质，且符合独立交易原则。如果成本分摊协议不满足这些要求，企业自行分摊的成本将不得在税前扣除。因此，在签订成本分摊协议时，企业应充分考虑协议的合理性和合法性，确保协议的执行符合税务规定。

2.按规定备案和提供资料：企业应按有关规定对成本分摊协议进行备案，并准备、保存相关的同期资料。备案和资料的准备工作应及时、准确地完成，以便税务机关进行审查和监管。

3.受控外国企业方面：

1.准确判断受控外国企业的认定标准：企业需了解受控外国企业的认定标准，即由中国居民企业或个人控制的设立在实际税负低于我国所得税法规定税率水平 50% 的国家（地区），且并非出于合理经营需要对利润不作分配或减少分配的外国企业。企业应根据自身的股权结构和境外企业的实际情况，判断是否存在受控外国企业的风险。

2.依法申报和纳税：如果企业被认定为受控外国企业的股东，应按照规定将视同受控外国企业股息分配的所得计入当期应纳税所得额，并依法申报和缴纳企业所得税。同时，对于已在境外缴纳的企业所得税税款，可按照相关规定进行抵免。

4.一般反避税方面：

1.避免不具有合理商业目的的安排：企业在进行境外投资时，应避免实施不具有合理商业目的而获取税收利益的避税安排，如滥用税收优惠、税收协定、公司组织形式、避税港等。税务机关会对企业的交易行为进行审查，如果发现存在一般反避税风险问题，将启动调查程序，并对企业进行纳税调整。

2.积极配合税务机关调查：如果企业被税务机关纳入一般反避税调查范围，应积极配合税务机关的工作，提供相关的资料和信息，协助税务机关进行调查和核实。对于税务机关作出的纳税调整决定，企业应认真履行纳税义务，及时补征税款并缴纳相应的利息。

5.关联申报方面：

1.准确识别关联方和关联交易：企业应准确识别与境外投资方、境外被投资企业或者在境外设立的分支机构、从事生产经营的场所之间的关联关系，并对关联交易进行申报。关联方的认定标准较为复杂，企业应根据相关规定进行判断，确保关联申报的准确性和完整性。

2.按时进行关联申报：纳税年度内与境外关联方发生业务往来的企业，在向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表时，应同时附送《中华人民共和国企业年度关联业务往来报告表》。企业应按时完成关联申报工作，避免因逾期申报而产生税务风险。

除了税务注意事项外，企业申请境外投资备案还需关注其他一般性注意事项，如：

1.申请材料的准备：

1.准确填写《境外投资备案表》，包括投资主体情况、境外企业名称、股权结构、投资金额、经营范围、经营期限、投资资金来源等信息，确保内容真实、准确、完整。

2.提供相关的证明文件，如企业营业执照、法人和股东身份证复印件、投资来源分析、投资环境分析、可研性报告和项目简介等。可研性报告应具有合理性和可行性，能够为投资项目提供有力的支持。

2.投资项目的合规性：

1.投资项目应符合国家的相关政策和法规，不得涉及敏感国家和地区、敏感行业等限制领域。企业在选择投资项目时，应充分了解国家的政策导向和监管要求，确保项目的合规性。

2.对于两个以上企业共同开展的境外投资项目，应由相对大股东在征求其他投资方书面同意后办理核准或备案手续。

3.投资主体的资格要求：

1.境内投资主体应为依法设立的企业，成立时间最好满一年以上，能够提供完整的经审计的财务报表。

2.企业的股东背景和资金来源应合法合规，投资项目应具有真实性和可行性，能够经得起相关部门的审查。

4.后续的监管和报告：

1.企业在获得境外投资备案后，应按照规定在境外开展投资活动，并及时向相关部门报告投资项目的进展情况。

2.企业还应关注国家对境外投资的监管政策变化，及时调整投资策略和管理措施，确保境外投资活动的合规性和稳定性。