企业申请境外投资备案需遵循以下指南：

首先，在选择投资接收国时，要考虑被投资国家的政局是否稳定、有无清晰严明的法律体系；经济发展情况以及投资项目在该地区的市场前景；当地对境外投资是否有优惠政策和补贴，同时也要关注当地对境外投资有无限制措施。

在准备资料方面，通常需要提交投资企业的营业执照、法人和董事股东成员的身份证复印件；境外投资项目方案，包括项目名称、投资项目规模、投资资金数额、投资实施形式、项目的可行性、风险和收益等；填写境外投资备案表；投资企业最近一次的财务报告；与境外企业的签约协议及其公司基本信息；投资企业的股东同意投资的决议书；投资资金来源证明文件；境外投资真实性承诺书；被投资国家的投资政策等。

办理流程因境外投资项目规模、投资行业和投资国家等因素而有所不同。一般先确定办理的部门。通常，提交申请资料到当地商务部门，大概等待审核时间为 15 个工作日，通过核准后会给企业发放境外投资项目备案通知书；接着提交申请资料到发改委，发改委审核项目的真实性可行性以及存在的风险，需用时大概两个月，核准之后会给企业发放境外投资备案证书；最后去外管局办理外汇登记，将资金汇出到被投资国家，实施境外直接投资。

国家层面有相关政策指导，如关注《国务院办公厅转发国家发展改革委 商务部 人民银行 外交部关于进一步引导和规范境外投资方向指导意见的通知》。国家发展改革委层面，重点查阅《企业境外投资管理办法》《国家发展改革委关于发布企业境外投资管理办法配套格式文本 (2018 年版) 的通知》和《关于发布境外投资敏感行业目录 (2018 年版) 的通知》。核准管理范围包括涉及敏感国家和地区的项目、敏感行业项目，如武器装备、跨境水资源利用、新闻传媒等。备案管理范围为非敏感类项目，根据投资主体类型和投资额大小决定备案层级。备案准备材料包括基本信息如企业名称、投资主体情况等，项目信息如股权结构、投资金额等，以及附件如申请书、营业执照等。企业可通过国家发展改革委的境外投资管理和服务网络系统提交申请，若涉及国家秘密或不适宜使用网络系统的事项，可使用纸质材料提交。商务部门是境外投资主管部门，负责《企业境外投资证书》的办理。办理流程为登录商务部业务系统统一平台，在线填报《境内主体信息表》和《境外投资备案表》，并以 pdf 格式扫描、上传所有备案材料。具体如登录平台后，选择我的业务点击增加应用 — 经济合作，选择投资合作信息并点击申请，选择境外投资并确定等步骤。此外，企业还应注意资金来源合法性、深入了解目标国法律法规和市场环境、进行全面风险评估和管理等事项。